El laboratorio de Microbiología se encuentra ubicado, junto con el laboratorio de Análisis Clínicos, en la planta -1 del Hospital. Dispone de las instalaciones necesarias para realizar cultivo bacteriológico, determinaciones serológicas urgentes y diagnóstico molecular por PCR. Determinadas pruebas especializadas se llevan a cabo en el laboratorio de Microbiología de la Fundación Jiménez Díaz.